Neustadt a.d. Donau liegt auf halber Strecke zwischen Ingolstadt und Regensburg, auf einer etwa 5 km breiten Ebene des Donautales. Im Stadtgebiet münden die Flüsse Ilm und Abens in die Donau. Zur Stadtgemeinde gehören die 22 Ortsteile Arresting, Bad Gögging, Deisenhofen, Eining, Geibenstetten, Haderfleck, Heiligenstadt, Hienheim, Irnsing, Irnsing-Steinbruch, Karpfenstein, Lina, Marching, Mauern, Mühlhausen, Niederulrain, Oberulrain, Schwaig, Sittling, Umbertshausen und Wöhr.
Im Jahr 1945 oder 1946 wurde Mauern in die Stadt eingegliedert. Am 1. Januar 1972 kamen Arresting, Eining und Marching, am 1. Juli 1972 Gögging hinzu, am 1. Januar 1978 Geibenstetten, Irnsing, Mühlhausen und große Teile der aufgelösten Gemeinde Hienheim. Die Eingliederung der bis dahin selbstständigen Gemeinden Oberulrain und Schwaig schloss am 1. Mai 1978 die Eingemeindungen ab.
In der Umgebung von Neustadt a.d.Donau haben sich Spuren aus der Stein- bzw. Hallstattzeit, der keltischen Ureinwohner, der Römer, germanischer Stämme und des frühen Christentums erhalten. Die Heilquellen nutzten schon die Römer, die nahe der Stadt ihr Kastell in Eining errichtet hatten. Hier gründeten die Wittelsbacher eine Stadt anstelle der ursprünglichen Siedlung Trepphenowe bzw. Säligenstadt zum Schutz der Donauuferstraße und des Flussverkehrs. Herzog Ludwig der Strenge verlieh der Neugründung am 11. Mai 1273 das älteste aller bayerischen Stadtrechte. Die Bezeichnung apud Novam civitatem (bei der neuen Stadt) findet sich erstmals 1277, in deutscher Sprache erstmals 1290 als Newenstat. Die heutige Bezeichnung Neustadt a.d.Donau erscheint ab 1796.
Ein Brand zerstörte 1317 die Stadt fast ganz, sie wurde aber wieder aufgebaut. Die typisch planvolle wittelsbachische Stadtanlage erhielt eine erstmals 1363 bezeugte Mauer, von der heute noch Stadttürme und Mauerreste übrig sind. Auf seiner Italienischen Reise kam der Dichterfürst Johann Wolfgang von Goethe im Jahre 1786 auch nach Neustadt.
In den letzten Tagen des Zweiten Weltkriegs wurde Neustadt bei Kämpfen am 26. und 27. April 1945 zu mehr als zwei Dritteln zerstört. Im Verlaufe seiner wechselvollen, oft durch Krieg und Zerstörung sowie von Hochwasser geprägten Geschichte entwickelte sich Neustadt von einem Landstädtchen zu einem gewerblich-industriellen Dienstleistungszentrum. Mittlerweile ist Neustadt wirtschaftlicher Mittelpunkt des Landkreises Kelheim. Das Stadtwappen zeigt in Schwarz zwei runde silberne Zinnentürme, dazwischen schwebend ein Schildchen mit den bayerischen Rauten.
